شورای عالی، بالاترین مرجع تصمیم‌گیری در سازمان است که کلیه‌ی برنامه‌ها و طرح‌های پیشنهادشده از سوی دبیرخانه‌ی کل را تصویب می‌کند.

شورای عالی سازمان همبستگی جهان اسلام از ۶۰ عضو تشکیل شده است که همگی از شخصیت‌های برجسته‌ی اسلامی‌اند و نمایندگی ملت‌ها و اقلیت‌های مسلمان را برعهده دارند. این اعضا با تصمیم رسمی شورا منصوب می‌شوند.

شرط اصلی عضویت در این شورا، آن است که فرد از دعوت‌گران به سوی خداوند باشد و فعالیت برجسته‌ای در حوزه‌ی کار اسلامی از خود نشان داده باشد.

این شورا به‌طور منظم تشکیل جلسه می‌دهد تا درباره‌ی پژوهش‌ها و مسائل ارائه‌شده از سوی دبیرخانه‌ی کل یا سه نفر از اعضا تصمیم‌گیری کند.

همچنین، مسیر فعالیت‌های سازمان را ارزیابی کرده و پیشنهادها و توصیه‌هایی به کشورها، گروه‌ها و نهادهایی که در مسیر خدمت به اسلام و مسلمانان نیازمند مشورت‌اند، ارائه می‌دهد.

شایان ذکر است که عضویت در این شورا داوطلبانه است و اعضا هیچ حقوق یا پاداشی بابت آن دریافت نمی‌کنند.

رئیس شورای عالی سازمان همبستگی جهان اسلام

دبیرکل سازمان همبستگی جهان اسلام و عضو انجمن بزرگان علمای مسلمان، اقاي دکتر شيخ محمد بن عبد الکریم العیسی است.